国家中医药管理局“道地药材生态遗传”重点研究室成立于2009年，主要研究方向为道地药材的生态研究和遗传研究。实验室主任为黄璐琦研究员，实验室成立以来，先后围绕道地药材形成的生物学本质、道地药材形成的模式假说、道地药材属性及研究对策进行了系统探讨，形成了完整清晰的学术思想。围绕道地药材形成的几个模式假说，利用本研究室在道地药材分子生药学研究和道地药材生态学研究方面的优势，根据经典遗传学和表观遗传学的理论方法，运用生态学的原理，配合受控试验，研究环境、遗传因素及其交互作用影响药材道地性的特征及表现在功效、安全性和化学成分上的变化及其规律，最终揭示道地药材的形成机理。

本研究室是中国生态学会中药资源生态专业委员会的挂靠单位，在中药资源生态学及道地药材形成的环境机制研究等方面的主要研究工作包括：不同生态环境类型药用植物资源的遥感监测方法；道地药材茅苍术的资源遥感监测；多变量统计方法在中药资源生态学研究中的应用；基于3S技术的中药道地药材空间分析数据库的构建及应用；环境胁迫下次生代谢产物的积累及对道地药材形成的影响；在道地药材生态适宜性区划研究、道地药材空间分析技术研究、环境胁迫对道地药材次生代谢的影响、道地药材连作障碍研究、道地药材化感作用研究等方面都积累了不少研究基础和成果。在国内最早开展了中药空间分析和道地药材形成的逆境效应研究。相关研究发表文章40余篇，主编出版了《中药资源生态研究》一书，形成了稳定的道地药材生态学的研究方向。

道地药材是一个与生态环境、遗传密切相关的开放的复杂系统。本研究室先后以苍术、丹参、赤芍、黄芩、大黄、栝楼、地黄等药材为研究对象，就道地药材形成的遗传机制展开研究。先后承担了国家自然基金重点项目“中药材道地性系统研究”、“863”计划“利用基因芯片技术研究丹参品质形成的分子机理”及“丹参毛状根生产有效成分的代谢工程研究”、国家十一五科技支撑计划“中医药研究的新技术新方法—中药材双标记鉴别新技术研究”等课题，在国内开创了道地药材形成分子机理研究的先例。在2006年编著了《分子生药学》第二版,目前此书已成为复旦大学、北京大学和华西医科大学等大学的研究生教材。2008年出版了高等院校本科生的《分子生药学》教材，迄今全国己有10所高等院校开设该课程。